FISAFINANCE hiện tại áp dụng thu phí dịch vụ thẩm định hồ sơ ban đầu từ 500.000Đ đến 1.000.000Đ tùy từng địa bàn; và phí dịch vụ kết nối từ 1-2% trên tổng số tiền đầu tư trước khi giải ngân cho doanh nghiệp.

Ngoài ra doanh nghiệp được yêu cầu đóng phí bảo hiểm (Bảo hiểm Bảo Việt) từ 0.010% đến 0.048% theo kỳ hạn 10 đến 90 ngày.